天启四年，1624年2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军渡海出击收复澎湖。

    但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。

    7月，南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。

    8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。明朝取得了澎湖之战的胜利，成功收复了澎湖。

    1633年7月，荷兰台湾总督普特曼斯率领十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝沿海发起了进攻。荷兰人提出中国方面立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人单独贸易，否则将继续开战，此无理要求遭到明朝拒绝，参战的荷兰舰队9艘以及荷兰招揽的50多艘海盗舰队全军覆没。